A Pós-Graduação da USP conta com apoio de bolsas de estudo de vários órgãos de fomento. As agências financiadoras de pesquisa e formação de recursos humanos que oferecem bolsas de estudos aos alunos regulares de mestrado e doutorado são: CAPES, CNPq, FAPESP.

Aos Programas de Pós-Graduação competem a seleção, a concessão e o acompanhamento dos bolsistas nos casos de bolsas da CAPES e CNPq. As bolsas oferecidas pela FAPESP são concedidas diretamente para o aluno, mediante solicitação do orientador.

Os doutorandos podem desenvolver parte do seu trabalho de tese em instituições estrangeiras por meio de programas específicos da CAPES e do CNPq.